Муносибатҳои дипломатӣ байни Ҷумҳурии Тоҷикистон ва Япония 2 феврали 1992 барқарор шудаанд.
Сафорати Ҷумҳурии Тоҷикистон дар Япония 28 ноябри 2007 ифтитоҳ ёфтааст ва Сафорати Япония дар Ҷумҳурии Тоҷикистон 26 январи 2002 кушода шуд. Ҳоло Сафири Фавқулода ва Мухтори Ҷумҳурии Тоҷикистон дар Япония Мирзошариф Ҷалолов ва Сафири Фавқулода ва Мухтори Япония дар Ҷумҳурии Тоҷикистон Тосихиро АИКИ мебошад.
Дар давраи муносибатҳои дипломатӣ байни ду кишвар барои таъмиқи минбаъдаи ҳамкориҳои амалӣ заминаи хубе бунёд гардидааст ва аз ҳама муҳим – сатҳи баланди мушорикат, эътимоди тарафайн ва эҳтиром ба даст омадааст.
Ҳодисаи муҳим дар муносибатҳои дуҷониба ин боздидҳои корӣ ва расмии Асосгузори сулҳу ваҳдати миллӣ - Пешвои миллат, Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон муҳтарам Эмомалӣ Раҳмон аз Япония, аз ҷумла сафари расмӣ 3-5 октябри 2018 буд. Натиҷаи сафари расмӣ боиси таҳрики наве ба рушди ҳамкориҳои дуҷонибаи Тоҷикистону Япония гардид.
Нахустин сафари расмии Сарвазири Япония Синдзо Абэ ба Ҷумҳурии Тоҷикистон 24 октябри 2015 барои рушди муносиботи дӯстона, ҳамкориҳои мутақобилан судбахш ва таҳкими заминаи қарордодию ҳуқуқии ҳамкорӣ такони ҷиддӣ бахшида, ҷиҳати тавсеаи минбаъдаи онҳо марҳалаи навро оғоз намуд.
Гурӯҳи дӯстии байнипарлумонӣ байни Маҷлиси намояндагони Маҷлиси Олии Ҷумҳурии Тоҷикистон ва Палатаи намояндагони Парламенти Япония 2008 таъсис ёфтааст ва нахустин нишасти он бо иштироки ҳайатҳои вакилони ду кишвар 6 марти 2019 дар Токио баргузор гардид.
Ба тақвияти муносибатҳои дуҷониба сафарҳои расмии Вазири корҳои хориҷии Ҷумҳурии Тоҷикистон ба Япония (охирон маротиба 2014) ва Вазири корҳои хориҷи Япония ба Тоҷикистон (охирон маротиба 16-17 майи 2019) мусоидат намуданд.
Тоҷикистон ва Япония машваратҳои сиёсиро ба сифати абзори муҳим барои тақвияти муносибатҳои фарогир, ки дар ин давра солҳои 2013 ва 2018 дар Душанбе баргузор гардидаанд, истифода мебаранд.
Нахустин даври Комиссияи байниҳукуматии Тоҷикистону Япония оид ба ҳамкориҳои иқтисодӣ, илмӣ ва техникӣ cоли 2017 дар Токио ва давраи дуюми он 13 марти 2023 дар Душанбе баргузор гардид.
Заминаи шартномавӣ-ҳуқуқии ду кишварро зиёда аз 63 созишномаҳои байниҳукуматӣ ташкил медиҳанд.
Воситаи дигари мусоид барои ҳамкориҳо Муколамаи «Осиёи Марказӣ + Япония» маҳсуб мегардад, ки 7-умин нишасти вазирони корҳои хориҷии кишварҳои узви Муколамаи “Осиёи Марказӣ+Япония” 16-17 майи 2019 дар Душанбе баргузор гардида буд.
Аҳамияти зиёдро барои таҳкими ҳамкории дуҷониба фаъолияти Агентии ҳамкориҳои байналмилалии Япония (JICA), ки аз 2006 дар рушди соҳаҳои иҷтимоии Тоҷикистон саҳм мегузорад, молик аст.
Ҳамкории Тоҷикистону Япония дар соҳаи маориф тибқи нақша аз соли 1993 рушд менамояд. Зиёда аз 2200 намояндагони тахассусҳои ҷумҳурӣ то ба ин рӯз дар давраҳои омӯзишӣ дар Япония иштирок карданд. Саҳми муносибати худро “Барномаи бурсияҳои таҳсилӣ барои рушди иқтидори захираҳои инсонӣ” (JDS) дар омодасозии мутахассисони ҷавон дар соҳаҳои муносибатҳои байналмилалӣ, ҳуқуқ, иқтисод ва менеҷмент аз соли 2009 то ба ин ҷониб мегузорад.
Ҳамкории дуҷониба дар соҳаи нақлиёт аз 1999 рушд мекунад. Бозсозии роҳҳои автомобилгарди Дӯстӣ-Панҷи Поён, Бохтар-Дӯстӣ ва сохтмони Терминали боркашонии фурудгоҳи байналмилалии Душанбе солҳои 2017-2018 ҳамчун намунаи ҳамкорӣ мебошанд.
Ҳукумати Япония барои беҳбудии системаи оби нӯшокӣ дар ноҳияҳои алоҳидаи ҷумҳурӣ пайваста саҳм мегузорад. Лоиҳаи «Барқарор намудани низоми таъмини оби нӯшокӣ дар ноҳияи Панҷ» ҳамчун беҳтарин тарҳи татбиқшудаи ширкатҳои японӣ дар соҳаи сохтмони шаҳрвандӣ дар хориҷи кишвар аз ҷониби Ҷамъияти муҳандисони шаҳрвандии Япония (Japan Society of Civil Engineers JSCE) интихоб гардидааст.
Ҳамкориҳо дар соҳаи энергетика батадриҷ ривоҷ меёбад. Пружаи «Беҳтар кардани вазъи зеристгоҳҳо дар шаҳри Душанбе» дар давраи татбиқшавӣ қарор дорад.
Фаъолияти якумин корхонаи дорусозии муштараки Тоҷикистону Япония – «Аввалин» дар вилояти Хатлон, ки бо иштироки ширкати саҳҳомии японии «Кокӣ» таъсис ёфтааст, дар рушди робитаҳои иқтисодӣ низ саҳми назаррасе мегузорад.
Гардиши мол байни ду кишвар дар соли 2023 беш аз 150,4 млн. доллари ИМА-ро ташкил дод.