Заминаи сиёсии муносибатҳои Тоҷикистону Қирғизистон баъди ба даст овардани истиқлолият, бо ба имзо расонидани Протокол, «Дар бораи барқарор намудани муносибатҳои дипломатӣ байни Ҷумҳурии Тоҷикистон ва Ҷумҳурии Қирғизистон» 14 январи соли 1993 гузошта шуд.
Аз давраи барқарор гардидани муносибатҳои дипломатӣ робитаҳои дуҷонибаи Тоҷикистону Қирғизистон ба таври анъанавӣ дар самти ҳамкориҳои мутақобилан судманд ҷараён гирифта, дар маҷмӯъ дар соҳаҳои сиёсӣ, тиҷоративу иқтисодӣ, илмию техникӣ, фарҳангӣ ва ғайра бомуваффақият рушд меёбанд. Онҳо бо ҳузури ҳамешагии рӯҳи эътимоди мутақобила, мувофиқати пурра ё ҳамоҳангии мавқеъҳо оид ба аксари масъалаҳои мубрами байналмилалӣ ва минтақавии мавриди таваҷҷӯҳи тарафайн тавсиф мешаванд.
Тоҷикистон ва Қирғизистон, ки ҷонибдори густариши минбаъдаи ҳамкориҳои дуҷониба мебошанд, Шӯрои ҳамоҳангсозии байнидавлатии Ҷумҳурии Тоҷикстон ва Ҷумҳурии Қирғизистонро таъсис доданд, ки ҷаласаи якуми он 27-28 майи соли 2013 дар Бишкек баргузор гардид ва Шӯрои вазирони корҳои хориҷии Ҷумҳурии Тоҷикистон ва Ҷумҳурии Қирғизистон (аввалин вохӯрӣ 6 августи соли 2009 дар ш. Душанбе) баргузор гардид. Ин сохторҳо механизми самараноки ҳаллу фасли масъалаҳои афзалиятнок ва ба сатҳи сифатан нав баровардани муносибатҳои дуҷонибаро эҷод мекунанд.
Муносибатҳои сиёсии Ҷумҳурии Тоҷикистон ва Ҷумҳурии Қирғизистон дар маҷмӯъ ҳам дар асоси дуҷониба ва ҳам бисёрҷониба бомуваффақият рушд меёбанд.
Афзалиятҳои равобити сиёсии ду кишвар дар заминаи чунин вазифаҳои муштарак, ба монанди таҳкими амният ва субот дар минтақа, ки ба рушди минбаъдаи равандҳои ҳамгироӣ мусоидат мекунанд, дида мешаванд. Дар тӯли давраи гузашта, мулоқотҳои дуҷонибаи сарони ду давлат баргузор шуданд, ки дар ҷараёни онҳо масъалаҳои рушди минбаъдаи муносибатҳои дуҷониба ва ҳамоҳангсозии мавқеи ду давлат оид ба масъалаҳои мубрами байналмилалӣ ва минтақавӣ баррасӣ шуданд.
Марҳилаҳои асосии рушди муносибатҳои дуҷонибаи Тоҷикистону Қирғизистон баъди барқарор гаштани муносибатҳои дипломатӣ, рўйдодҳои муҳими зеринро дар бар мегирад:
- январи соли 1993, сафари кории Сарвари Ҷумҳурии Тоҷикистон Эмомалӣ Раҳмон ба Ҷумҳурии Қирғизистон.
- июли соли 1996, сафари расмии Президенти Ҷумҳурии Қирғизистон А.Акаев ба Ҷумҳурии Тоҷикистон.
- майи соли 1998, сафари расмии Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон Эмомалӣ Раҳмон ба Ҷумҳурии Қирғизистон.
- майи соли 2004, сафари расмии Президенти Ҷумҳурии Қирғизистон А.Акаев ба Ҷумҳурии Тоҷикистон.
- майи соли 2008, сафари кории Президенти Ҷумҳурии Қирғизистон Қ. Боқиев ба вилояти Суғди Ҷумҳурии Тоҷикистон.
- июли соли 2010, мулоқоти Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон Эмомалӣ Раҳмон бо Президенти Ҷумҳурии Қирғизистон Р.Отунбаева дар рафти ҷаласаи 27-уми Шӯрои Байнидавлатии Иттиҳоди иқтисодии Авруосиё дар шаҳри Остона.
- ноябри соли 2010, мулоқоти Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон Эмомалӣ Раҳмон бо Президенти Ҷумҳурии Қирғизистон Р.Отунбаева дар доираи ҷаласаи навбатии Шӯрои сарони ҳукуматҳои давлатҳои узви СҲШ дар шаҳри Душанбе.
- майи соли 2013, сафари расмии Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон Эмомалӣ Раҳмон ба Ҷумҳурии Қирғизистон.
- 1-2 феврали соли 2018 сафари расми Президенти Ҷумҳурии Қирғизистон Сооронбой Жээнбеков Ҷумҳурии Тоҷикистон.
- 14 июни соли 2019 дар доираи Ҷаласаи Шӯрои сарони давлатҳои аъзои Созмони Ҳамкории Шанхай сафари кории Асосгузори сулҳу ваҳдати миллӣ — Пешвои миллат, Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон муҳтарам Эмомалӣ Раҳмон ба Ҷумҳурии Қирғизистон.
- 26 – 27 июли соли 2019 сафари кории Асосгузори сулҳу ваҳдати миллӣ — Пешвои миллат, Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон муҳтарам Эмомалӣ Раҳмон ва Президенти Ҷумҳурии Қирғизистон дар минтақаи сарҳадии Ворух – Оқсой ва шаҳри Чолпон-Ота.
Афзалиятҳои равобити сиёсии ду кишвар дар заминаи чунин вазифаҳои муштарак, ба монанди таҳкими амният ва субот дар минтақа, ки ба рушди минбаъдаи равандҳои ҳамгироӣ мусоидат мекунанд, дида мешаванд.
Аҳамияти хоса ба ҳамкорӣ дар доираи СММ, САҲА, ИДМ, СААД, СҲШ, ББНА, институтҳои молиявӣ ва дигар созмонҳои байналмилалию минтақавӣ, ки Тоҷикистон ва Қирғизистон дар онҳо иштирок мекунанд, дода мешавад.
Пояи шартномавию ҳуқуқии муносибатҳои дуҷонибаи Тоҷикистону Қирғизистон заминаи ҳуқуқии мустаҳкамро барои таҳкими ҳамкории гуногунҷанбаи минбаъдаи ҳарду кишвар фароҳам овард.
Ҳуҷҷатҳои асосие, ки ҷараён ва усулҳои муҳими муносибатҳои дутарафаи Тоҷикистону Қирғизистонро танзим мекунанд, Аҳднома оид ба муносибатҳои асосии байнидавлатӣ миёни Ҷумҳурии Тоҷикистон ва Ҷумҳурии Қирғизистон (12 июли соли 1996, ш. Душанбе) ва Аҳднома миёни Ҷумҳурии Тоҷикистон ва Ҷумҳурии Қирғизистон оид ба муносибатҳои некӣ - ҳамсоягӣ ва ҳамшарикӣ (26 майи соли 2004, ш. Душанбе) мебошанд.
Дар муносибатҳои тиҷоратӣ-иқтисодии Тоҷикистону Қирғизистон тамоюли муайяни болоравӣ мушоҳида мешавад.
Бо оғози кори Комиссияи байниҳукуматии Тоҷикистону Қирғизистон оид ба баррасии маҷмуи масъалаҳои дуҷониба, ки он 12 июли соли 1997 таъсис шудааст, муносибатҳои тиҷоратию иқтисодии Ҷумҳурии Тоҷикистон бо Ҷумҳурии Қирғизистон дар аксарияти самтҳои ҳамкориҳои иқтисодӣ рушд ёфта, тамоюли мунтазами афзоиши устувор ва мушаххаси нишондиҳандаҳои гардиши савдо ба чашм мерасад.
Шоистаи таъкид аст, ки таъсиси Комиссияи байниҳукуматии Тоҷикистону Қирғизистон оид ба баррасии маҷмуи масъалаҳои дуҷониба, мунтазам доир намудани ҷаласаҳои он ба истилоҳ пуле барои ба сатҳи нави рушд баровардани ҳамкориҳои Ҷумҳурии Тоҷикистон бо Ҷумҳурии Қирғизистон гардидааст.
Бо мақсади ҳалли масъалаҳои сарҳадӣ соли 2002, Тарафҳо Комиссияи байниҳукуматӣ оид ба делимитатсия ва демаркатсияи Сарҳади давлатиро таъсис доданд.
Дар маҷмўъ, дар муносибатҳои байни Тоҷикистону Қирғизистон дар шароити рушди мустаъқил, саъю кушиши муштарак ҷиҳати роҳандозии алоқаҳои мутақобилан судманд дар соҳаҳои мухталифи ҳамкорӣ ба назар расида, дар он руҳияи эътимоди мутақобил, ҳусни ҳамҷаворӣ ва муносибатҳои нек бо якдигар ҷой дорад.