Дипломатические отношения между двумя странами были установлены 2 февраля 1992 года.
Посольство Республики Таджикистан в Японии функционирует с 28 ноября 2007 года. Посольство Японии в Республике Таджикистан функционирует с 26 января 2002 года. Чрезвычайный и Полномочный Посол Республики Таджикистан в Японии является Мирзошариф Джалолов и Чрезвычайный и Полномочный Посол Японии в Республике Таджикистан является Аики Тосихиро.
В период дипломатических отношений между нашими странами создана хорошая основа для дальнейшего углубления практического взаимодействия, и самое главное – достигнут высокий уровень партнерства, взаимного доверия и уважения.
Важным событием в двусторонних отношениях являются официальные визиты Основателя мира и национального единства - Лидера нации, Президента Республики Таджикистан в Японию, включая официальный визит в октябре 2018 году. Результаты данного официального визита дали новый импульс развитию двустороннего сотрудничества между Таджикистаном и Японией.
Первый официальный визит Премьер-министра Японии Синдзо Абэ в Республику Таджикистан 24 октября 2015 года способствовал развитию дружественных отношений, взаимовыгодному сотрудничеству и укреплению нормативно-правовой базы двух стран, а также дал импульс для осуществления нового этапа отношений.
Межпарламентская группа дружбы между Маджлиси намояндагон Маджлиси Оли Республики Таджикистан и Палаты Представителей Парламента Японии была создана в 2008 году и её первая сессия с участием парламентских делегаций двух стран прошла 6 марта 2019 года в Токио.
Дальнейшему развитию двусторонних отношений также способствовали официальные визиты Министра иностранных дел Республики Таджикистан в Японию (в том числе в 2014 году) и Министра иностранных дел Японии в Республику Таджикистан (в том числе в 2018 году).
Таджикистан и Япония проводят политические консультации (в 2013 и 2018 гг. в Душанбе), которые служат важным механизмом укрепления и развития отношений.
Первое заседание Таджикско-японской межправительственной комиссии по экономическому, техническому и научному сотрудничеству состоялось 14 апреля 2017 года в Токио.
Основу договорно-правовой базы составляют более 63 межправительственных соглашений.
Важной площадкой для нашего взаимодействия является Диалог «Центральная Азия + Япония», в рамках которого 16-17 мая 2019 года в Душанбе состоялось Седьмое совещание глав внешнеполитических ведомств государств-участников Диалога «Центральная Азия + Япония».
Важное значение в укреплении двустороннего сотрудничества имеет деятельность Японского Агентства по международному сотрудничеству (JICA), которое с августа 2006 года вносит заметный вклад в развитие социальных сфер Таджикистана.
Сотрудничество Таджикистана и Японии в области образования планомерно развивается с 1993 года. С этого момента по настоящее время свыше 2200 представителей республики различной специальности приняли участие в учебных и тренинговых курсах в Японии. Свою положительную лепту вносит Проект по предоставлению стипендий для подготовки кадров JDS, (магистратура и докторантура) по программе японской грантовой помощи с 2009 года.
Сотрудничество Таджикистана и Японии в области транспорта развивается с 1999 года. Реализация проектов по реабилитации автомобильных дорог Дусти-Нижний Пяндж, Бохтар-Дусти и строительство грузового терминала в Международном аэропорту Душанбе (2017-2018 гг.) являются примером сотрудничества .
Правительство Японии постоянно вносит свой вклад для улучшения системы питьевой воды отдельных районов республики. Проект «Восстановление системы питьевого водоснабжения в Пянджском районе Хатлонской области Таджикистана» выбран со стороны Японским обществом гражданских инженеров (JSCE) как лучший проект, реализованным за рубежом в области гражданского строительства.
Постепенно развиваются партнерские отношения в области энергетики. Проект «Улучшение подстанций в городе Душанбе» находится на стадии реализации.
Деятельность первого совместного таджикско-японского предприятия «Аввалин» (Первый), созданного японской компанией "Коки" в Хатлонской области, также вносит существенный вклад в развитие экономических отношений.
Совокупный объем двухсторонней торговли за 2018 год между двумя странами составил более 65 млн. долларов США.