Республика Таджикистан и Кыргызская Республика, руководствуясь обоюдным желанием развивать традиционные отношения дружбы и сотрудничества в политической, экономической, культурно-гуманитарной и других областях 14 января 1993 года подписали Протокол «Об установлении дипломатических отношений между Республикой Таджикистан и Кыргызской Республикой».
С 2 июля 2002 года в Бишкеке функционирует Посольство Республики Таджикистан по адресу: г. Бишкек, ул. Карадарьинская, 36. По указанному адресу также функционирует Консульский отдел Посольства.
Первым Послом Республики Таджикистан в Кыргызской Республике был назначен Собиров Махмуджон Носирович (2002-2008 гг.).
В последующие годы пост Чрезвычайного и Полномочного Посла Республики Таджикистан в Кыргызской Республики занимали:
Саидов Асомиддин Асадуллоевич (2008-2012 гг.)
Рахимов Олим Собирович (2012-2016 гг.)
Олимзода Сухроб Ходжа (2016-2020 гг.)
Ализода Назирмад (2020 - по настоящее время)
Посольство Кыргызской Республики в Республике Таджикистан действует с 1997 года. Первым Чрезвычайным и Полномочным Послом Кыргызстана в Таджикистане был назначен Асаналиев Эрик Акматбекович (1997-2001гг.).
Последующие годы с 2001-2005 гг. и 2014 – 2018 гг. Ниязов Мирослав Джумабекович, Джунушалиев Туратбек Эсенкулович (2005-2010 гг.), Саралаев Урмат Кадыкеевич (2010-2014 гг.) являлись чрезвычайными и полномочными послами Кыргызской Республики в Республике Таджикистан. С 2018 по 2022 год эту должность занимал Рустенбеков Жаныш Султанкулович. С 12 апреля 2022 года по ностоящее время Чрезвычайным и Полномочным Послом является Абдылдаев Эрлан Бекешович.